化学内容渲染测试

验证 LaTeX 公式以及 SMILES、SDF、XYZ、GJF 的 Markdown 渲染约定。

2026年8月10日KaTeX · RDKit.js · 3Dmol.js

编辑

这篇文章定义博客中三类科学内容的最小写法。所有输入仍然是普通 Markdown，不要求 MDX 组件。

公式与化学方程

行内公式使用单个美元符号，例如轨道能量 $\varepsilon_i$ 。块级公式使用两个美元符号：

E_{\mathrm{HF}} = \sum_i^{\mathrm{occ}} h_{ii} + \frac{1}{2}\sum_{ij}^{\mathrm{occ}}(J_{ij}-K_{ij}). \tag{1}

化学式与反应式使用 KaTeX 的 mhchem 语法，元素下标和反应箭头会自动排版：

\ce{2 H2 + O2 -> 2 H2O}

二维分子结构

从 SMILES 生成

把 SMILES 放进语言标记为 smiles 的代码块中，浏览器会按需加载 RDKit.js 并生成 SVG。下面是阿司匹林：

CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O

从 SDF 或 MOL block 生成

语言标记为 sdf 或 mol 时会检查坐标：普通二维坐标生成 SVG，包含三维坐标时自动切换到交互式三维视图。

Water
  ChemBlog

  3  2  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.7586    0.5043    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.7586    0.5043    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  3  1  0  0  0  0
M  END

三维分子结构

代码块的语言就是文件格式，不需要再添加 -3d。当前支持 xyz、gjf、pdb、mol2、cif 和 cube；旧的 xyz-3d 等写法仍然兼容。

3
water
O   0.000000   0.000000   0.000000
H   0.758602   0.000000   0.504284
H  -0.758602   0.000000   0.504284

Gaussian 输入文件使用 gjf（.com 文件也可以使用 com）。目前直接读取电荷、多重度之后的笛卡尔坐标：

%chk=water.chk
#p b3lyp/6-31g(d) opt

water optimization

0 1
O   0.000000   0.000000   0.000000
H   0.758602   0.000000   0.504284
H  -0.758602   0.000000   0.504284

三维视图由 3Dmol.js 驱动，可以拖动旋转、滚轮缩放。GJF 的 Z-matrix 暂时不自动转换；普通文章没有这些代码块时，不会加载 RDKit WASM 或 3Dmol.js。

Cube 分子轨道

体数据文件通常较大，因此保存在文章的 assets 目录，并通过受限的 @file 语法引用。蓝色和红色分别表示轨道的正、负相位等值面：

@file ./assets/s0_homo.cube